六朝博物馆现有展厅面积约5200平方米，从负一层到三层分布3个常设展厅和1个临展厅。常设展览“六朝历史文明”基本陈列分“六朝帝都”“六朝风采”“六朝人杰”三个篇章，展出文物1100余件，反映六朝建康都城面貌、六朝艺术成就和精英人物故事，阐述公元3~6世纪东方大都会主题。2015年，该基本陈列获第十二届全国博物馆“十大陈列展览精品奖”称号。