自20世纪90年代至今，南京地区的考古工作者对石头城遗址展开了五次勘探与考古发掘工作。

石头城遗址历年考古发掘位置图（南京大学文化与自然遗产研究所提供）

1998—1999年，南京市文物研究所对清凉山地区开展了考古调查、勘探与试掘工作。地面调查与地下勘探资料证实，如今保存于清凉山公园、国防园及盋山（今俗称菠萝山）山脊之上、由纯净黄土构成的土垣，实为人工修筑的城垣遗存。这些土垣耸立于山脊，断面呈上窄下宽的梯形结构。其中，残存的北垣大致呈东西走向，东、西垣则分别呈南北走向。钻探和发掘过程中，均发现土垣有人工夯打及不同时期加筑的痕迹。此外，在土垣拐角处或每隔一段的凸出部位，推测是特意为防御而构筑的“马面”一类遗存。

1998 年拍摄的石头城的北垣（右）和西垣（前）遗迹

2009—2012年，南京大学历史系、南京大学文化与自然遗产研究所和南京市博物馆组成的联合考古队对南京清凉山公园、国防园进行了考古勘探和发掘工作。经勘探发掘，基本确定石头城遗址在清凉山公园、国防园区域范围内，在此范围内的地下保存着体量巨大的城垣遗迹，包括东垣、北垣及马面。城垣形势北高南低，结构主要由填土、夯土、包墙砖、护坡砖等构成，其中在东垣中段还推测有护坡石。

值得注意的是，由王志高先生及六朝建康城遗址考古队负责的国防园区域内，遗址东、西、北三面墙体夯土外侧都有砌筑规整的包砖墙，根据地层堆积及伴出遗物判断，大部墙体始修于孙吴，后经东晋、南朝及隋唐多次补筑，并该段城墙可能与明初拆除包砖以砌筑京师城墙有关。

石头城遗址考古发掘分区示意图

2016—2017年，由南京大学历史学院、南京大学文化与自然遗产研究所和清凉山公园管理处共同组成的联合考古队进行考古发掘。发现六朝早期的路面遗迹，东晋晚期至南朝早期的城墙遗迹和角楼建筑遗迹，南朝晚期的门道建筑遗迹等。此次发掘出土了一块模印有“石头”二字的东晋晚期城砖，这两字铭文提供的考古“铁证”，让石头城遗址的“定位问题”再无争议：石头城遗址就在南京清凉山公园内。

“石头”铭文砖及其拓片

（南京城墙保护管理中心提供）

2019—2020年联合考古队对石头城北垣东北部继续进行发掘。本次考古发掘出土主要遗迹包含城门门道遗迹1处、城墙遗迹1处、角楼遗迹1处、明代墓葬4座。

2020—2021年，南京大学历史学院、南京大学文化与自然遗产研究所和南京市考古研究院组成的联合考古队对石头城清凉台遗址进行考古发掘。本次考古发掘对整个石头城遗址的空间布局、建筑结构等进行了较为全面的考古工作，国防园段出土城墙遗迹3处，墓葬遗迹2处。出土遗物较多，以砖瓦为主，另有少量瓷器残件、陶器残件、箭镞、铁牌、铜钱等遗物出土。菠萝山段发现城墙遗迹1处，墓葬遗迹2处。出土遗物以砖瓦为主。

石头城遗址国防园段现状航拍照（上为东）

石头城遗址菠萝山段现状航拍照（上为东）